據悉，我國醫藥第三方冷鏈物流存在的不足有：在配送方面，配送網絡單一，配送網絡主要從以前的藥品進、銷的路線和節點演化，分布不合理，沒有從第三方冷鏈物流系統規劃配送網絡的角度設計。在信息化方面，醫藥物流信息化能力低下，信息化建設落后，目前還沒有一個適應國內市場的成熟的信息化方案。許多企業還沒有能力利用信息化來提高效率。在管理模式上，醫藥物流企業采用的是倉庫、車輛和人員的堆積方式，實現以人工為主的商品儲運，人員素質不高，當面對更大的商品吞吐，效率、速度、準確與成本等因素對發展造成影響。
據有關統計，目前國內醫藥商業的平均物流成本占銷售額的比重達10%以上，而美國醫藥批發商的該項指標僅為2.6%。醫藥商業純利潤率僅有0.72%，全美醫藥批發商利潤率為1.55%。因此物流手段與發達國家相比還有不小的差距。
我國第三方醫藥冷鏈物流在市場滲透處于一個較低水平，但隨著大量資金開始活躍在醫藥物流領域里，提供專業物流服務的第三方冷鏈物流必然成為一個新的經濟增長點。
