吉林長春長生公司問題疫苗案件暴露出原國家食品藥品監督管理總局、國家藥品監督管理局相關工作人員監管不到位、監督指導不力、審查把關不嚴、失察失責等諸多漏洞。2018年8月17日，經國家市場監督管理總局黨組會議研究決定：
對原國家食品藥品監督管理總局（國家藥品監督管理局）藥品化妝品監管司司長、食品藥品審核查驗中心主任丁建華予以免職；
對原國家食品藥品監督管理總局（國家藥品監督管理局）藥品化妝品監管司副司長董潤生予以免職；
對原國家食品藥品監督管理總局（國家藥品監督管理局）藥品化妝品監管司副司長孫京林（2014年11月至2017年4月任原國家食品藥品監督管理總局食品藥品審核查驗中心副主任）予以免職；
對原國家食品藥品監督管理總局（國家藥品監督管理局）藥品化妝品監管司特殊藥品監管處處長葉國慶予以免職；
對原國家食品藥品監督管理總局（國家藥品監督管理局）藥品化妝品監管司特殊藥品監管處調研員郭秀俠予以免職；
對中國食品藥品檢定研究院副院長王佑春予以免職；
責成中國食品藥品檢定研究院（原國家食品藥品監督管理總局醫療器械標準管理中心）院長（主任）李波做出深刻檢查。
中共中央政治局常務委員會8月16日召開會議，聽取關于吉林長春長生公司問題疫苗案件調查及有關問責情況的匯報。中共中央總書記習近平主持會議并發表重要講話。
會議同意，對金育輝（吉林省副省長，2017年4月起分管吉林省食品藥品監管工作）予以免職，對李晉修（吉林省政協副主席，2015年12月-2017年4月任分管吉林省食品藥品監管工作的副省長）責令辭職，要求劉長龍（長春市市長，2016年9月任長春市代市長，2016年10月至今任長春市市長）、畢井泉（市場監管總局黨組書記、副局長，2015年2月-2018年3月任原食品藥品監管總局局長）引咎辭職，要求姜治瑩（吉林省委常委、延邊朝鮮族自治州委書記，2012年3月-2016年5月任長春市委副書記、市長）、焦紅（國家藥監局局長）作出深刻檢查；對35名非中管干部進行問責；決定中央紀委國家監委對吳湞（原食品藥品監管總局副局長、原衛生計生委副主任，分管藥化注冊管理、藥化監管和審核檢驗等工作）進行立案審查調查。會議責成吉林省委和省政府、國家藥監局向中共中央、國務院作出深刻檢查。
吉林省和長春市分別對長生疫苗案件相關人員作出組織處理
16日，吉林省和長春市分別對長生疫苗案件中履行監管職責不力、履行屬地管理職責不力負有直接責任和領導責任的相關人員作出組織處理。
決定按法定程序免去郭洪志擔任的吉林省食品藥品監督管理局黨組書記、局長職務，白緒貴擔任的吉林省工信廳黨組書記、廳長職務（2016年4月至2018年2月任分管藥監工作的長春市副市長），曾向東擔任的吉林省食品藥品監督管理局黨組成員、副局長職務，閆海江擔任的吉林省食品藥品監督管理局黨組成員、副局長職務；責令長春市副市長、市公安局局長呂鋒（2018年2月臨時代管藥監工作，2018年4月至今分管藥監工作）向吉林省委、省政府和長春市委、市政府做出深刻檢查。
按規定程序免去唐若迪擔任的長春市食品藥品監督管理局黨組書記、局長職務，張文革擔任的長春市食品藥品監督管理局黨組成員、副局長職務，周福云擔任的長春市食品藥品監督管理局餐飲服務監管處處長職務，于百川擔任的長春市食品藥品監督管理局高新區分局分黨組成員、副局長職務；責令長春高新區黨工委書記、管委會主任趙旭，長春新區黨工委委員、管委會副主任楊文俊（2017年6月任長春新區管委會副主任，負責聯系長春市食藥監局高新分局），長春經開區黨工委委員、管委會副主任于振波（2014年2月至2017年6月任長春高新區管委會副主任，負責聯系長春市食藥監局高新分局），長春市食品藥品監督管理局高新區分局分黨組書記、局長陳鐵等人辭職。
